בשנת 1993 ייסד את IDEC International Democratic Education Conference הכנס הבינלאומי לחינוך דמוקרטי שמתקיים מזה 23 שנים, בכל שנה במדינה אחרת, ומתפרס על פני כ-45 מדינות ברחבי העולם, שבהן מעל אלף בתי ספר דמוקרטיים.
ב- 1996 ייסד את המכון לחינוך דמוקרטי ועמד בראשו. במסגרתו הקים את המסלול האקדמי להכשרת מורים בחינוך הדמוקרטי, בסמינר הקיבוצים, ואת תכנית "חלוץ" להכשרת מנהלי בתי ספר תוך התנסות בהובלת יזמויות בבתי ספר בשכונות מוחלשות.
ב-2005 פרסם את ספרו "החינוך הדמוקרטי- סיפור עם התחלה". הספר תורגם מאז לאנגלית, בולגרית ופורטוגזית, ומהווה מקור השראה למחנכים ויזמים פורצי דרך ברחבי העולם.
ב-2010 הקים את ארגון "ערי חינוך – אמנות שיתופי הפעולה" העוסק ביצירת שיתופי פעולה החיוניים להנעת תהליכי חדשנות, בכיתה, בבית הספר, בעיר, בארץ, ובעולם. הארגון, בניהולו של יעקב, מוביל תכניות לאומיות בשיתוף משרד החינוך – נבחרות מתמטיקה ומודל חדשני ללמידת MOOC.
יעקב מייעץ מזה שנים לשרי החינוך בישראל בהיותו מומחה ליצירת קשרים וממשקים בין הממסד לחינוך האלטרנטיבי.
הוא רואה בהכנת והכוונת מערכת החינוך לקראת העתיד את עיקר פעילותו כיום.